多数衣原体病根据临床表现可以诊断，一般不需实验室检查。
（1）直接涂片检查：在急性期取眼结膜病灶括片、宫颈括片或泌尿生殖道拭子进行Giemsa染色或免疫荧光染色，检查上皮细胞内典型衣原体包涵体。
（2）分离培养：将标本接种鸡胚卵黄囊或做细胞培养分离衣原体，再用特异性免疫荧光抗体鉴定不同的衣原体或血清型。
（3）血清学诊断：主要用于性病淋巴肉芽肿及衣原体肺炎的辅助诊断。常用补体结合试验或间接免疫荧光法检测抗衣原体抗体，明显增高者有诊断意义。
（4）核酸检测：应用PCR等核酸扩增技术可特异性诊断沙眼衣原体，具有敏感性高，特异性强的特点，现已经被广泛应用。
预防沙眼尚无特异性免疫方法，无成熟的疫苗问世。主要靠加强卫生宣传，做好个人保护；鹦鹉热的预防主要是避免与病鸟和病禽的接触；泌尿生殖道感染的预防应广泛开展性病知识的宣传，提倡健康的性行为，积极治愈患者和带菌者。治疗可用红霉素、四环素、诺氟沙星、磺胺类药物等。
