（一）致病性
1.致病机制不同衣原体的致病性不同，有些只引起人类的感染，如肺炎嗜衣原体；有些仅感染动物，如兽类嗜衣原体、沙眼衣原体中的鼠衣原体等；有些是人畜共患病的病原体，如鹦鹉热嗜衣原体中的部分菌株。
衣原体通过创面侵人机体后，原体吸附于易感的柱状或杯状膜上皮细胞并在其中繁殖，也能进人单核/吞噬细胞内繁殖。衣原体产生内毒素样毒性物质和主要外膜蛋白破坏宿主细胞。还可引起W型超敏反应导致肉芽肿和瘫痕的形成。
2.所致疾病
（1）沙眼：是目前世界上致盲的主要病因。我国学者汤飞凡于1955年采用鸡胚卵黄囊接种法在世界上首次分离培养出沙眼衣原体，为沙眼衣原体的研究工作做出了卓越的贡献。 沙眼是由沙眼衣原体沙眼生物型引起。主要通过眼一眼或眼一手一眼途径接触传播。沙眼衣原体感染眼结膜上皮细胞并在其中繁殖，在细胞质中形成包涵体，引起局部炎症。早期症状是流泪、有钻液脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生。晚期出现结膜瘫痕、眼睑内翻、倒睫以及角膜血管9使角膜受到损伤，影响视力或失明。
（2）包涵体结膜炎：由沙眼亚种引起，可经性接触，手一眼或间接接触而感染，引起滤泡性结膜炎，包括婴儿结膜炎和成人结膜炎。
（3）泌尿生殖道感染：经性接触传播。引起非淋菌性泌尿生殖道感染。男性尿道炎可合并附肇炎、前列腺炎等。在女性可引起尿道炎、宫颈炎、输卵管炎等，导致不孕不育症。
（4）性病淋巴肉芽肿：由性病淋巴肉芽肿生物型引起。主要通过性接触传播。病原体侵犯淋巴结，男性以腹股沟淋巴结为多见，女性以会阴、肛门、直肠淋巴结多见，可引起肛门直肠狭窄。
（5）呼吸道感染：鹦鹉热嗜衣原体和肺炎嗜衣原体可引起上呼吸道感染和肺炎。慢性肺炎嗜衣原体感染及其形成的免疫复合物与冠心病的发病有关。
（二）免疫性
衣原体感染后可诱导机体产生特异性的细胞和体液免疫，以细胞免疫为主。
