衣原体的种类很多，不同的衣原体可引起人类、鸟类及哺乳类动物（如家畜、啮齿类动物）的眼、泌尿生殖道、呼吸道、神经系统、关节、胎盘和全身感染。引起人类衣原体感染的主要病原有沙眼－包涵体结膜炎衣原体、花柳性淋巴肉芽肿衣原体和鹦鹉热衣原体。
衣原体感染的症状有很多。衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
男性衣原体感染的症状不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。
相对的，女性衣原体感染的症状比男性要多，其主要感染部位为宫颈，其后遗症多导致不孕症。
