支原体感染的治疗为何这么难主要有以下几点因素：
1. 支原体感染的治疗用药不正规，或疗程过短，治疗不彻底。很多患者在疾病的初期就没有得到正规有效的治疗，他们不是去正规医院就诊，而是自行去药房购药治疗或去街头游医及小诊所治疗，以致延误病情。
2.少数患者感染初期症状较轻，或无症状而忽视支原体感染的治疗，错过最佳治疗时机，以致病情迁延或伴有并发症，久治不愈。
3.患者的性伴侣没有得到有效的检查或治疗，导致再次感染(乒乓球式的交叉感染)，因此对于非淋菌性尿道炎患者的性伴侣即使没有症状，也应该进行检查或治疗。
4.病原体出现耐药性，所用抗生素无效。有些患者感染初期不正规支原体感染的治疗或药量不足引起病原体发生变异，出现耐药菌株。
5.反复大量使用广谱抗生素导致体内菌群失调，免疫力下降，使原本不致病的病原体，真菌，微生物大量繁殖，成为诱发新的感染或加重原有感染的根源。
