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你好，若是怀孕期间检查衣原体阳性，其是会影响女性导致流产、早产、胎儿畸形的，其主要是由于孕育期机体免疫力差，接触感染源导致。
若是在怀孕初期感染衣原体，则建议在早期治疗。若是在晚期感染衣原体，则建议暂不治疗，行剖腹产后，再行治疗。